Wpływ antybiotykoterapii na mikrobiotę jelitową jest złożony – od zmniejszenia jej różnorodności, przez zmiany aktywności metabolicznej, aż po rozwój oporności na stosowane antybiotyki. W wyniku dysbiozy jelitowej może dojść do wystąpienia biegunki związanej z antybiotykoterapią, w tym nawracających zakażeń Clostridioides difficile. Biegunka związana z antybiotykoterapią, w szczególności cięższe postacie zakażenia Clostridioides difficile, przyczynia się do wydłużenia czasu hospitalizacji, konieczności wdrożenia dodatkowych procedur diagnostycznych i tym samym zwiększenia kosztów opieki medycznej. Warto zaznaczyć, że nie tylko biegunka jest konsekwencją stosowania antybiotykoterapii. Ekspozycja na antybiotyki we wczesnym dzieciństwie jest związana z rozwojem zaburzeń immunologicznych oraz metabolicznych w późniejszym życiu chorego. Bakterie probiotyczne oraz prebiotyki mogą potencjalnie zapobiegać dysbiozie mikrobioty jelitowej związanej z antybiotykami lub ją odwracać.
